被发现罚款1000元，是否合理，但在工厂不重要的

不在重要区域吸烟被罚款不合理。根据《劳动合同法》，工厂不能对劳动者进行罚款，只能依规处罚。如被罚款，可向劳动行政部门投诉，否则可能影响你的合法权益，如工资被克扣。
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可投诉或协商。具体操作：1.与公司沟通，表达不满，尝试协商；2.若协商无果，收集证据，如罚款单、公司规定等；3.向劳动行政部门投诉，提交证据，请求处理；4.等待处理结果，必要时可寻求法律援助。
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针对此问题，你可选择投诉或协商。建议先与公司协商，若协商无果再向劳动行政部门投诉，以确保你的权益得到维护，避免不必要的法律纠纷。